Bình thường tụy ngoại tiết bài tiết dịch tụy, dịch này theo ống tụy (ống Wirsung) đổ vào khúc 2 tá tràng. Dịch tụy chứa các enzyme tiêu hóa có khả năng tiêu hủy chỉnh cả tụy. Tụy có một số các cơ chế nhằm tránh hiện tượng tự tiêu này. Đầu tiên các protein được chuyển thành dạng tiền enzyme được dự trữ ở những ngăn đặc biệt nhờ bộ máy Golgi. Dịch tụy được bài tiết dưới dạng bị bất hoạt. Trên đường từ ống tụy đổ vào tá tràng và khi vào tá tràng, các enzyme tiêu hóa này được hoạt hóa. Tắc nghẽn đường lưu thông dịch tụy do viên sỏi từ đường mật rơi xuống (vị trí thường ở cơ vòng Oddi) hoặc do giun từ ruột chui ngược lên sẽ làm ứ đọng dịch trong lòng ống tụy. Nếu tắc nghẽn tạm thời thì tổn thương thường giới hạn và được phục hồi nhanh nhưng nếu tắc nghẽn kéo dài thì các enzyme được hoạt hóa này sẽ tích tụ ngày càng nhiều trong tụy nhiều hơn chất ức chế.

Lượng enzyme được hoạt hóa sẽ tấn công làm tổn thương và gây viêm tụy nặng nề. Các chất hóa học giải phóng ra trong quá trình hoạt hóa này có tác dụng như các chất hóa ứng động gây tụ tập các tế bào viêm. Các bạch cầu trung tính được hoạt hóa sẽ làm nặng nề hơn tình trạng tổn thương do bài xuất các superoxide và các enzyme tiêu protein (cathepsin B, D và G; collagenase, elastase. Cuối cùng, đại thực bào sẽ bài tiết các cytokine gây nên viêm tại chỗ cũng như hội chứng đáp ứng viêm hệ thống trong trường hợp nặng. Các cytokine tham gia sớm vào quá trình này là TNF alpha, interleukin-6 và interleukin-8.

Việc dùng các thức uống chứa cồn lượng nhiều, liên tục và kéo dài sẽ làm cho các ống tụy nhỏ bên trong tụy trở nên hẹp hơn và có thể bít tắt gây nên viêm tụy. Cơn viêm tụy cấp có thể xuất hiện sau một lần dùng cồn quá nhiều hoặc sau một bữa ăn thịnh soạn.